La FOFI con le sue caratteristiche istituzionali e giuridiche, è "figlia" dell’immediato dopoguerra, di un momento cioè nel quale la rinascita del paese non poteva che passare anche attraverso un rinnovato impulso delle professioni e, quindi, attraverso la loro riorganizzazione dopo la soppressione dell’ordinamento sindacale corporativo. Con il Decreto legislativo del Capo provvisorio dello Stato n.233 del 13 settembre 1946, si riconosceva "la realtà logica e storica e delle Federazioni Nazionali degli Ordini" ricostituendo gli Ordini delle professioni sanitarie quali enti delegati dalla pubblica amministrazione alla sorveglianza delle professioni stesse. E’ a questa data e a quest’atto legislativo, quindi, che bisogna far risalire la nascita della F.O.F.I. Ancora prima, però, della ricostituzione degli Ordini sanitari, si tenne in Roma il 4 novembre 1945 il primo Congresso nazionale dei farmacisti. Con un apposito ordine del giorno, l’assemblea decise di ricostituire la Federazione Nazionale degli Ordini (anticipando quindi il legislatore) affinchè si facesse portatore, sul piano nazionale, delle istanze degli allora 16.000 farmacisti italiani. L’obiettivo immediato era quello di sollecitare l’emanazione del provvedimento legislativo sulla ricostituzione e sul riconoscimento giuridico degli Ordini che, infatti, sarebbe stato varato l’anno successivo: presidente di quella Federazione fu Nicola De Luca. Nel periodo tra il 1946 e il 1950, antecedente all’emanazione del D.p.r. n.221, la F.O.F.I. venne retta da Arturo Fanoli (1946-1948) e Domenico Bari (1948-1950). La prima elezione per la costituzione del Comitato centrale si tenne il 25 novembre 1950, dopo l’emanazione del regolamento di esecuzione della legge sugli ordini sanitari (Dpr n.221 del 5 aprile 1950). Primo Presidente fu il prof. Dino Ponte, con Aldo Scanavino Segretario e Werther Forlini Tesoriere. Secondo Presidente fu Carmelo Bertello che, eletto la prima volta nel 1952, venne confermato nel 1955. Seguì nel 1958 Carlo Marini, confermato nel 1961. Il 1964 venne eletto alla Presidenza Francesco Cannavò, che doveva poi ricoprire l’incarico senza soluzione di continuità fino al 1985, anno in cui la carica rappresentativa della professione è stata affidata a Giacomo Leopardi.