La biblioteca dell'Istituto si è formata quale supporto dei lavori istituzionali di edizione delle fonti e, nel tempo, quale risultato dei rapporti di scambio e collaborazione con le deputazioni di storia patria e con i principali istituti scientifici stranieri in Roma e all'estero. Il patrimonio librario, comprendente circa 100.000 volumi, abbraccia oltre al tema centrale delle fonti, i molteplici aspetti della storia e della cultura medievale.