Ricco di materiale di qualsiasi genere ed ha una lunga storia. I religiosi insegnanti di scienze erano in rapporto continuo con altri religiosi di diversi paesi dai quali si facevano inviare materiale. Ma soprattutto la presenza al Santa Maria del prof. Giovanni Onore, ora docente all'università di Quito, ha arricchito il museo dei settori più diversi. Alcuni suoi alunni sono diventati come lui appassionati ricercatori.