Museo di Villa Giulia nacque nel 1889 per iniziativa di Felice Barnabei (1842-1922), archeologo e politico italiano, sulla base di un coerente programma di esplorazioni archeologiche.
A fornire il primo nucleo delle collezioni del museo fu una serie di materiali rinvenuti a Falerii (l'odierna Civita Castellana), capoluogo dei Falisci, popolo insediato nel territorio compreso fra i Monti Cimini ed il Tevere, un distretto che era stato oggetto negli anni 1880 di attente indagini topografiche e di scavi.
I materiali furono provvisoriamente esposti nelle due sale a fianco del vestibolo di ingresso e nei tre saloni del primo piano, riscattati dal degrado conseguente all'utilizzazione della villa come luogo di acquartieramento e di magazzinaggio.
Quella prima esposizione (realizzata nel 1888-89), e l'ambizioso progetto del Barnabei nel suo complesso, ebbero sanzione ufficiale con l'istituzione del Museo Nazionale Romano (febbraio 1889). Il nuovo istituto, pur concepito unitariamente, era suddiviso in due sezioni -«urbana» ed «extra-urbana»- sulla base della provenienza dei materiali da esporre. La prima sezione venne insediata nei monumentali locali annessi alle Terme di Diocleziano; per la seconda si mantenne la collocazione a Villa Giulia, con il programma di farvi confluire tutti gli oggetti scoperti nella provincia romana: l'Etruria prossima a Roma, l'Agro falisco e capenate, la Sabina, il Lazio meridionale. Alle antichità di Falerii si aggiunsero così via via quelle di altri centri dello stesso territorio (Corchiano, Narce, ecc.), materiali da abitati, santuari e necropoli del Lazio meridionale (Gabii, Alatri, Satricum, più tardi Palestrina), dell'Etruria (Cerveteri e in seguito Veio), dell'Umbria (Todi, Terni).
Anno di fondazione: 1889