Questa antichissima chiesa è ricordata per la prima volta da una lapide, ora posta all'ingresso sulla destra. Consacrazione, il 25 marzo 1090, in onore di Nostra Donna ad pineam (ossia presso la pigna).
L’attuale appellativo ha un’origine incerta, e diverse sono le sue interpretazioni. La più complessa, e anche la meno probabile, fa riferimento proprio alla lapide d’entrata, il cui compare scritto:
† ANN · DNI · MILLXC · IND · III · MEN · MAR
D · XXV · DEDICATA · E · HEC · ECCLA · SCE · MARIE
QVE · APPELLA · AD · PINEA · PER · EPOS · VBALDV
SAVINEN · ET · IOHM · TVCVLANS · TEM · DNI
VRBANI · II · PAPE · IN · QVA · SVNT · RELIQEº
EX · VESTIMENTIS · SCE · MARIE · VIRG · REL · S · PIETRO
APLI · CORNELII · PP · CALIXST · PP · FELICIS · PP
YPPOLITI · MART · ANASTASII · MAR
FELIX · MARMENIEI · MARTYRIS
DA · DAMASO · VITAM · POST · MORTEM · XP · REDEMPTOR
L’espressione que appell ad, divenne nel gergo popolare cappella. Altra possibilità è che il nominativo cappella derivi dal latino cupella, ossia barile. A prova di ciò il fatto che nel XV secolo la Confraternita dei barilai aveva in questa chiesa la sua sede. O forse per ricordare che in passato era una semplice cappella.
Successivamente, oltre alla consacrazione di un altare nel 1113, la navata destra viene chiusa per motivi di stabilità. Nella successiva menzione del 1192, nel catalogo di Cecio Cameriario, la chiesa viene segnalata con l'attuale nome, S. Maria in cappella.
Nel 1391, Andreozzo Ponziani, suocero di Francesca Romana, crea nella zona rimasta chiusa, l'ospedale del Santissimo Salvatore. Bonifacio IX affida così il patronato della chiesa alla famiglia Ponziani.
Alla sua morte, S. Francesca Romana si prende cura del complesso, lasciandolo in eredità alla congregazione da lei fondata, le Oblate de' Tor de Specchi.
Nella seconda metà del 500', si insedia la Confraternita dei Barilai, che provvedono ad un restauro della struttura. In questo periodo viene anche chiusa la navata sinistra, che viene trasformata in un fienile.
Intorno al 1650, papa Innocenzo X Pamphilj concede il patronato della chiesa al suo casato. Infatti la cognata stava acquistando i terreni confinanti per la realizzazione di un Casino sul fiume, i famosi bagni di Donna Olimpia .
Nel 1797, i discendenti Doria-Pamphilj affidano la chiesa al Sodalizio dei Marinai di Ripa e Ripetta.
Nel 1858, il principe Filippo Andrea Doria-Pamphilj commissiona all'archietto di famiglia, Andrea Busiri Vici, un sostanziale restauro. Vengono ripristinate le tre navate e sono elimate le decorazioni settecentesche nella facciata.
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